Las Famosas Deshidrogenasas

                                           
http://www.lookfordiagnosis.com/images.php?term=Lactato+Deshidrogenasas&lang=2&from=8

            Las deshidrogenasas son enzimas, que aunque no le damos mucho crédito, son esenciales al momento de degradar compuestos orgánicos. Estas enzimas catalizan reacciones de oxidación-reducción para así poder degradar azúcares, etc. Esto es muy importante en la respiración celular de las células en donde se saca energía de la misma. 

               La siguiente presentación resume en detalle lo que son las deshidrogenasas y donde estas trabajan en nuestras células.

Simbiosis en las termitas

http://www.altoplagachile.cl/2008/06/16/fumigacion-y-tratamiento-de-termitas/

     

     Muchos organismos dependen de microorganismos para realizar reacciones metabólicas que les ayudan a susistir. Un ejemplo general son las termitas quienes consumen materia orgánica, o sea madera entre otros. Este organismo depende de microorganismos para degradar celulosa, fijar nitrógeno entre otras reacciones.

     Esta corta presentación pretende nombrar tres reacciones que consideramos principales las cuales son realizadas por una bacteria, archea y protista. 

Ejemplos de microorganismos simbiontes con la termita:

Clostridium pasteurianum

http://arumaniez21.wordpress.com/

Trichonympha

http://skepticwonder.fieldofscience.com/2008/10/sunday-protist-trichonympha.html

Methanobrevibacter

http://visualsunlimited.photoshelter.com/gallery/Collection-Highlights-Visuals-Unlimited/G0000jiDWuFUJO5k/6/P00005B75Ev1bTHE

¿Qué es genómica, proteómica y bioinformática?

En la clase hoy se habló de proteómica, genómica y bioinformática, en donde era confuso la diferencia. Es por eso que decidimos colocar algunos videos relacionados.

Genomics

http://www.youtube.com/watch?v=mmgIClg0Y1k

Proteomics

http://www.youtube.com/watch?v=90ADo5XMuH4

Extra

http://www.youtube.com/watch?v=KeHv-BPEtIk

Técnica utilizada en la identificación de microorganismos

Cuando tenemos un microorganismo que no sabemos que es o quien es, las técnicas de identificaciän juegan un papel importante. Esta presentación corta se realizó para que algunos estudiantes repasaran y otros aprendieran aquellas técnicas más usadas en taxonomía.
Nuestro equipo presentó la técnica de "Geles en 2D", donde la separación de proteínas se realiza por carga y peso.


http://protocolsonline.com/proteomics/two-dimensional-gel-electrophoresis/

Aqui la presentacion en YouTube

Claves dicótomas

Hacer una clave dicótoma facilita clasificar organismos según sus características externas o físicas. Estas claves dicótomas pretenden diferenciar entre hongos, bacterias y otros microorganismos. 

Leyenda:

Unicelular: Si= Saccharomyces cereviciae
No= todos los demás
Ameroconidia (Aleurospora): Si= Nigrospora
No= Todos los demás
Conidia en forma de Boomerang: Si= Curvularia
No= Todos los demás
Producción de Macro y Microconidias: Si= Fusarium
No= Todos los demás
No posee fiálide: Si= Drechslera/Bipolaris
No= todos los demás
Posee vesícula: Si= Aspergillus
No= Penicillium 

Para desarrollar esta clave dicótoma fue más sencilla de realizar porque la mayoría de los miembros del grupo ha tomado cursos de Micología, por lo que se nos hizo fácil de identificar los hongos. Sabiendo la identidad de ellos, pudimos buscar características únicas de cada hongo para realizar la clave dicótoma. Por último, arriba incluimos leyenda de clave dicótoma.

Leyenda:

 

Unicelular: Si= Rhodotorula

No= Todos los demás

Tiene apófisis: Si= Absidia
No= Todos los demás
Producción de artroconidias: Si= Geotrichum
No= Todos los demás
Septos longitudinales: Si= Pestalotia

No= Todos los demás

Septos longitudinales y transversales: Si = Alternaria
No= Aspergillus

 

Contrario a la clave anterior estos microorganismos se nos hizo más dificil de identificar ya que son raros y nunca antes visto.  Pudimos identificar y corroborar cinco de estos microorganismos, pero uno de ellos se nos hizo sumamente dificil de identificar. Preguntamos a un instructor de Micología por este microorganismo y nos dijo que parecía ser Aspergillus.  No estamos seguros de que sea este microorganismo por lo que deseamos conocer en clase su identidad.  Por último, arriba incluimos la leyenda de esta clave dicotoma. 

Taxonomía moderna

La tarea tiene como objetivo clasificar los siguientes enunciados aplicando la taxonomía moderna. Hoy día para  clasificar se utilizan técnicas moleculares ya que estas son mas específicas que pruebas bioquímicas, etc.

Se dividen los organismos entre los dominios y dentro de cada uno se subdividen según sus caraterísticas.

 

Revisión sobre las técnicas o métodos descritos en algunos artículos científicos

      El objetivo principal de este ejercicio es disectar los artículos científicos de modo que podamos entender los métodos y técnicas utilizadas en cada uno de los proyectos. Nos enfocamos en las técnicas que se utilizaron para clasificar a los organismos protagonistas de cada artículo. Se utilizaron tres artículos y cada uno representa a un microorganismo diferente en varios aspectos y estos son un hongo, bacteria y una arquea.

I. Artículo científico: Halogeometricum borinquense gen. nov., sp. nov., a novel halophilic

                                 archaeon from Puerto Rico

  Métodos:

1-    Morfología:

a.   Características morfológicas según el crecimiento de la bacteria en medio sólido en condiciones óptimas.

b.   Microscopía:

                                             i.    Microscopio de contraste de fase

                                            ii.    Microscopio de electrones de transmisión

2-    Fisiología:

a.   Movilidad

b.   Determinando el crecimiento optimo:

                                             i.    Diversos porcientos de sal (NaCl)

                                            ii.    Rango de temperaturas

                                          iii.    Tolerancia a cambios en pH

c.    Tinciones:

                                             i.    Gram

                                            ii.    Capsula

                                          iii.    Espora

d.   Tolerancia a cantidades mínimas de MgSO₄

e.   Sensibilidad a antibióticos:

                                             i.    Penicilina

                                            ii.    Bacitracina

                                          iii.    Novobiocina

                                           iv.    Kanamicina

                                            v.    Ampicilina

                                           vi.    Vancomicina

                                         vii.    Trimetoprima

                                       viii.    Tetraciclina

                                           ix.    Eritromicina

                                            x.    Cloranfenicol

f.     Pruebas bioquímicas:

                                             i.    Reducción de nitrato

                                            ii.    Fermentación de carbohidratos I

                                          iii.    Fermentación de carbohidratos II

                                           iv.    Crecimiento anaerobio

                                            v.    Prueba de aminoácidos, encimas y movilidad

                                           vi.    Prueba de uso de azúcar como fuente de energía

                                         vii.    Prueba de catalasa

                                       viii.    Hidrólisis de gelatina

                                           ix.    Hidrólisis de almidon

                                            x.    Prueba de oxidasa

3-    Bioquímica:

                                             i.    Cromatografía de lípidos

4-    Análisis molecular:

a.   Filogenia molecular:

                                             i.    Determinar contenido de G+C

                                            ii.    Análisis filogenético del gen 16S rRNA

This is a SEM micrograph of H. borinquense PR3^T (Manfred Rohde, Helmholtz Centre for Infection Research, Braunschweig)

Referencia artículo y foto:        

http://sigen.org/index.php/sigen/article/viewArticle/sigs.23264/67

II. Artículo científico: Periconia variicolor sp. Nov., a new species from Puerto Rico

A.   Morfológicas:
·     Macroscópicas: Pigmentación azul del micelio dependiendo del medio (MEA, PDA, SDC), Margen continuo de la colonia y textura algodonosa, levantada en el centro. Características de la colonia vista desde abajo.
·         Microscópicas: Uso del microscopio electrónico de rastreo,  producción acropetal de conidas, conidióforo ramificado, conidia globosa.
B.      Fisiológicas:
·         Metabolitos bioactivos
·         Halotolerantes 10%
C.      Bioquímicas:
·         Composición de ácidos grasos
·         Cromatografía
·         Espectrofotometría de masa
·         Bioensayos

This figure presents a SEM showing the details of the ornamentation of conidia of this organism.

 Referencia artículo y foto:

 http://www.mycologia.org/cgi/content/full/99/3/482

III. Artículo científico: Characterization of blue pigmented bacteria isolated from Puerto Rico

1.    Morfología:

a.   elevación

b.   forma

c.    margen

d.   el tamaño de la colonia

e.   tinción Gram

f.     tinción simple

g.    Tinción de Endosporas

h.   Tinción de capsula

i.     SEM (scanning electron microscope)

2.    Fisiología:

a.   porciento de sal

b.   pH óptimo

c.    temperatura óptima para la producción del pigmento

3.    Bioquímica:

a.   Degradación de urea

b.   SIM (degradación de triptófano a indol, producción de H₂S y motilidad)

c.    Starch agar media para producción de amilasa

d.   Nitrate broth para reducción de nitrato a nitrito

e.   Nutrient gelatin agar para producción de exoenzima gelatinasa

f.     utilización de carbohidratos (sucrosa, dextrosa, maltosa, and mannitol broths) con rojo fenol de indicador

g.    TSIA (Triple sugar iron agar para lactosa, lucrosa y glucosa con producción de H₂S y gas)

h.   Simmons citrate agar para utilización de citrato como única fuente de carbono)

i.     VP (Voges Proskauer) para detectar fermentación de glucosa y su transformación a ácido pirúvico

j.    Methil red (MR) para conversión de ácido pirúvico a acetoin

k.    electroforesis.

4.    Serología:

a.   Ninguna.

5.    Genética:

a.   16sDNA

b.   análisis filogenético (MEGA 3.1/ p-distance, bootstrap (1000 replicas)

c.    primers para amplificar genes igi  (designed)

d.   PCR

e.   análisis in silico

Referencia artículo: http://www.formatex.info/microbiology2/117-123.pdf