Revisión sobre las técnicas o métodos descritos en algunos artículos científicos

      El objetivo principal de este ejercicio es disectar los artículos científicos de modo que podamos entender los métodos y técnicas utilizadas en cada uno de los proyectos. Nos enfocamos en las técnicas que se utilizaron para clasificar a los organismos protagonistas de cada artículo. Se utilizaron tres artículos y cada uno representa a un microorganismo diferente en varios aspectos y estos son un hongo, bacteria y una arquea.

I. Artículo científico: Halogeometricum borinquense gen. nov., sp. nov., a novel halophilic

                                 archaeon from Puerto Rico

  Métodos:

1-    Morfología:

a.   Características morfológicas según el crecimiento de la bacteria en medio sólido en condiciones óptimas.

b.   Microscopía:

                                             i.    Microscopio de contraste de fase

                                            ii.    Microscopio de electrones de transmisión

2-    Fisiología:

a.   Movilidad

b.   Determinando el crecimiento optimo:

                                             i.    Diversos porcientos de sal (NaCl)

                                            ii.    Rango de temperaturas

                                          iii.    Tolerancia a cambios en pH

c.    Tinciones:

                                             i.    Gram

                                            ii.    Capsula

                                          iii.    Espora

d.   Tolerancia a cantidades mínimas de MgSO₄

e.   Sensibilidad a antibióticos:

                                             i.    Penicilina

                                            ii.    Bacitracina

                                          iii.    Novobiocina

                                           iv.    Kanamicina

                                            v.    Ampicilina

                                           vi.    Vancomicina

                                         vii.    Trimetoprima

                                       viii.    Tetraciclina

                                           ix.    Eritromicina

                                            x.    Cloranfenicol

f.     Pruebas bioquímicas:

                                             i.    Reducción de nitrato

                                            ii.    Fermentación de carbohidratos I

                                          iii.    Fermentación de carbohidratos II

                                           iv.    Crecimiento anaerobio

                                            v.    Prueba de aminoácidos, encimas y movilidad

                                           vi.    Prueba de uso de azúcar como fuente de energía

                                         vii.    Prueba de catalasa

                                       viii.    Hidrólisis de gelatina

                                           ix.    Hidrólisis de almidon

                                            x.    Prueba de oxidasa

3-    Bioquímica:

                                             i.    Cromatografía de lípidos

4-    Análisis molecular:

a.   Filogenia molecular:

                                             i.    Determinar contenido de G+C

                                            ii.    Análisis filogenético del gen 16S rRNA

This is a SEM micrograph of H. borinquense PR3^T (Manfred Rohde, Helmholtz Centre for Infection Research, Braunschweig)

Referencia artículo y foto:        

http://sigen.org/index.php/sigen/article/viewArticle/sigs.23264/67

II. Artículo científico: Periconia variicolor sp. Nov., a new species from Puerto Rico

A.   Morfológicas:
·     Macroscópicas: Pigmentación azul del micelio dependiendo del medio (MEA, PDA, SDC), Margen continuo de la colonia y textura algodonosa, levantada en el centro. Características de la colonia vista desde abajo.
·         Microscópicas: Uso del microscopio electrónico de rastreo,  producción acropetal de conidas, conidióforo ramificado, conidia globosa.
B.      Fisiológicas:
·         Metabolitos bioactivos
·         Halotolerantes 10%
C.      Bioquímicas:
·         Composición de ácidos grasos
·         Cromatografía
·         Espectrofotometría de masa
·         Bioensayos

This figure presents a SEM showing the details of the ornamentation of conidia of this organism.

 Referencia artículo y foto:

 http://www.mycologia.org/cgi/content/full/99/3/482

III. Artículo científico: Characterization of blue pigmented bacteria isolated from Puerto Rico

1.    Morfología:

a.   elevación

b.   forma

c.    margen

d.   el tamaño de la colonia

e.   tinción Gram

f.     tinción simple

g.    Tinción de Endosporas

h.   Tinción de capsula

i.     SEM (scanning electron microscope)

2.    Fisiología:

a.   porciento de sal

b.   pH óptimo

c.    temperatura óptima para la producción del pigmento

3.    Bioquímica:

a.   Degradación de urea

b.   SIM (degradación de triptófano a indol, producción de H₂S y motilidad)

c.    Starch agar media para producción de amilasa

d.   Nitrate broth para reducción de nitrato a nitrito

e.   Nutrient gelatin agar para producción de exoenzima gelatinasa

f.     utilización de carbohidratos (sucrosa, dextrosa, maltosa, and mannitol broths) con rojo fenol de indicador

g.    TSIA (Triple sugar iron agar para lactosa, lucrosa y glucosa con producción de H₂S y gas)

h.   Simmons citrate agar para utilización de citrato como única fuente de carbono)

i.     VP (Voges Proskauer) para detectar fermentación de glucosa y su transformación a ácido pirúvico

j.    Methil red (MR) para conversión de ácido pirúvico a acetoin

k.    electroforesis.

4.    Serología:

a.   Ninguna.

5.    Genética:

a.   16sDNA

b.   análisis filogenético (MEGA 3.1/ p-distance, bootstrap (1000 replicas)

c.    primers para amplificar genes igi  (designed)

d.   PCR

e.   análisis in silico

Referencia artículo: http://www.formatex.info/microbiology2/117-123.pdf